税務会計と管理会計は目的が違います。

税務会計は納める税金を正しく計算するために必要なもの。
管理会計は経営状態をよりわかりやすくし、経営判断に活用するために必要なもの。

例えば、
税務会計では部門別に管理したり事業別で数値を見たりということは関係ありません。
一方で、経営判断としては部門別や事業別といった視点で数値を見ることは重要です。

中小企業ではあまり沢山の資料を作るのが困難なので、
管理会計を行いながら、結果、税務会計にも適用できる状態で進めていくことをお勧めします。
一部だけ調整が入るケースもありますが、資料をつくるために時間使い過ぎてしまうのはよくないので、経営判断に必要な情報を確認したら、ある程度の型を作って進めていくと労力を減らしていけます。

手間は増えてしまいますが、判断に必要な数値が把握出来るようにしていきましょう。
各企業やステージによって見るポイントは少しずつ変わってくるので、自社に必要なポイントを確認しながら、税務会計の処理との繋がりを意識して管理会計を取り入れていきましょう。